El submarino «B-6», fue construido por la Sociedad Española de Construcciones Navales de Cartagena, que puso su quilla el día 30 de septiembre de 1921, botado el 5 de junio de 1923 y entregado a la Armada el día 21 de enero de 1926. Su primer comandante fue el teniente de navío don Pablo Ruiz Marset.

     A primeros de 1927 al mando del teniente de navío don Pablo Ruiz Marset y en aguas de Cartagena el «B-6», estableció un récord permaneciendo setenta y dos horas seguidas bajo el agua, sin salir a superficie.

     El 22 de agosto de 1927, finalizadas las operaciones en Marruecos, los Reyes embarcaron en Bilbao en el acorazado Jaime I y realizaron un viaje que les llevó a Galicia y Algeciras, de donde salieron el 5 de octubre para visitar Ceuta, Alhucemas, Villa Sanjurjo y Melilla. El acorazado estuvo escoltado por varias unidades, entre ellas por los submarinos “B-3”, “B-4” y “B-6”.

     En los meses de agosto y septiembre de 1928 realizó maniobras en aguas del Cantábrico junto a los otros cinco submarinos de la clase “B” y dos de la clase “C”, el “C-1” y “C-2”. Estaba al mando del teniente de navío don Fernando Bustillo Delgado desde primeros de junio de 1928.

     En los meses de octubre y noviembre de 1928 realizó con la escuadra unas maniobras de conjunto en el Mediterráneo. A las 12 de la noche del 2 de noviembre de 1928 llegó a Palma de Mallorca el transporte Almirante Lobo, buque insignia de la división de submarinos, mandada por el capitán de navío don Mateo García de los Reyes. Fondearon después los submarinos Isaac Peral, los seis submarinos de la clase “B” y los “C-1” y “C-2” de la clase “C”. La escuadra llegó a Barcelona el 11 de noviembre para dar descanso a las tripulaciones, entre los que se incluía a la división de submarinos, con el Isaac Peral como buque insignia. El “B-6” estaba al mando del teniente de navío F. Bustillo. Permanecieron en puerto hasta la mañana del 20 de noviembre.

     Con motivo de la inauguración de la exposición universal de Barcelona el 19 de mayo de 1929, visitaron el puerto varias escuadras. Unos días antes entraron varios buques españoles, entre ellos los seis submarinos de la clase “B” y los “C-1”, “C-2” y “C-3”, abandonando el puerto la última semana del mes de mayo.

     Participó en las maniobras anuales de la escuadra en el Mediterráneo entre mediados de septiembre y mediados de octubre de 1929. Fue uno de los buques que llegó a Barcelona a mediados de octubre para dar descanso a las tripulaciones.

     A mediados de junio de 1930 se puso al mando del teniente de navío don José de Lara Dorda, sustituido, en agosto de 1931, por el del mismo empleo don Javier de Salas Pinto.

     En enero de 1932 acompañaron los submarinos “B-5” y “B-6” al presidente de la República con Niceto Alcalá Zamora en su visita a Alicante a bordo del destructor Alcalá Galiano.

     En el mes de junio de 1933 se iniciaron las maniobras de la escuadra y finalizaron el 6 de julio. En las mismas tomaron parte cuatro cruceros, nueve destructores, los submarinos “C-2”, “C-3”, “C-4”, “C-5”, “C-6”, “B-5” y “B-6”, varios buques menores y auxiliares. El 21 de agosto de 1933 se puso al mando del teniente de navío don José María Montero de Azcárraga.

     Participó en las maniobras de primavera de 1934. Una vez finalizadas, realizó con la escuadra una revista naval en aguas de Alcudia, presididas por el presidente de la República, don Niceto Alcalá Zamora.

     En diciembre de 1935 sustituyó al teniente Montero el teniente de navío don Juan José González González.

     En la primera quincena del mes de mayo de 1936 realizó la escuadra, al mando del vicealmirante don Javier Salas, unas maniobras en las islas Canarias. Tomaron parte varios submarinos, entre ellos el “B-6”. Finalizadas las maniobras, regresó a Cartagena.

     Cuando comenzó la guerra civil en julio de 1936 se encontraba en la flotilla con base en Cartagena, junto a los seis submarinos de la serie “C” y el submarino “B-5”. Su comandante González fue sustituido por el maquinista don Juan Cumbreras González el 18 de julio.

     La mañana del 18 de julio de 1936 salió de Cartagena con los submarinos “C-1” Isaac Peral, “C-3”, “C-4” y “C-6” para participar en el bloqueo del estrecho y evitar el paso de las tropas nacionales a la península. El 20 de julio llegaron a Málaga, donde el capitán de fragata Guimerá, jefe de la flotilla, los comandantes y varios oficiales fueron sustituidos. El comandante González fue arrestado junto a otros oficiales del submarino y desembarcado en Málaga.

     La mañana del 21 de julio salió de Málaga en compañía del submarino “C-3”, con la orden de encontrar y escoltar al petrolero Ophir hasta el puerto de Tánger.

     El “B-6” fue puesto al mando antirreglamentario del maquinista don Juan Cumbreras González, con el que se hizo a la mar el 20 de agosto, con la orden que localizar y protegr al petrolero Ophir» hasta su llegada a Tánger. Al finalizar esta misión, el buque se dirige entrando en Málaga dos días después a causa de unas averías. Allí fue puesto al mando del alférez de navío don Oscar Scharfhausen Kebbon, partidario del alzamiento y vigilado de cerca por el segundo, el maquinista Cumbreras. Regresó a Cartagena el día 23 de agosto, donde fue alistado para ser trasladado al Cantábrico.