La Flotilla de Submarinos española está al mando de un Capitán de Navío del Cuerpo General de la Armada "COMSUBMAR", antiguo Comandante de submarinos, que auxiliado por un Estado Mayor, ejerce la función de Autoridad Operativa de Submarinos española "SUBOPAUTH", dentro de la OTAN.

          El Estado Mayor se encuentra bajo el mando de un Capitán de Fragata al que además de haber sido comandante de Submarinos, se le exige ser diplomado de Estado Mayor. El E.M. esta compuesto por cinco secciones:

  • ORGANIZACIÓN Y PERSONAL.
  • INTELIGENCIA.
  • COMUNICACIONES.
  • OPERACIONES.
  • ENERGIA Y PROPULSIÓN..

              Con un Capitán de corbeta especialista en submarinos al frente de cada una de ellas.

              la Base, Esta dividida en tres secciones: Base, dirigida por el Ayudante mayor, un Capitán de Corbeta del Cuerpo de Especialistas. Sanidad, al mando de un Capitán Médico, y el Servicio de Aprovisionamiento (S.E.A.) al mando de un Comandante de Intendencia. los tres Servicios se encarga de prestar el apoyo necesario a los submarinos y sus dotaciones.

              Escuela de Submarinos, cuyo jefe de estudios es un Capitán de Fragata del que dependen los:

  • SIMULADORES.
  • SECRETARIA TÉCNICA.
  • DEPARTAMENTOS.

              lA  O.V.A.S también depende del Capitán de Fragata Jefe de Estudios, y su misión es la de pasar las calificaciones correspondientes a los submarinos.

              La Base de Submarinos cuenta con unos talleres de mantenimiento para la carga de baterías, electricidad, taller de frío, maquinaria, pintores, calderería etc., que orgánicamente dependen del Almirante del Arsenal de Cartagena, aunque su misión consiste en apoyar, como segundo escalón de mantenimiento, a los submarinos.