Se nombra Jefe de la Flotilla de Submarinos al Capitán de Corbeta Don Mateo García de los Reyes, además de comandante del primer submarino «Holland» comprado a Estados Unidos y bautizado «Isaac Peral», en memoria del insigne inventor cartagenero.

Los otros tres submarinos, que preveía la ley fueron comprados a Italia y construidos en la Spezia. eran del tipo «Laurenti» y fueron bautizados «Narciso Monturiol “A-1” «Cosme García”, “A-2» y «A-3».

Paralelamente a la compra de estos cuatro sumergibles se construía la Estación de Submarinos y su Escuela, en Cartagena, aprovechando el antiguo edificio de la Sala de Gálibos del Arsenal Militar y que databa de 1755.

Al finalizar la primera guerra mundial y dados los éxitos obtenidos por Alemania con este tipo de buques, el gobierno español encargo la construcción de seis unidades del tipo «B» a la Sociedad Española de Construcción Naval en su Factoría de Cartagena.

En 1920 se recibió el buque de salvamento «Kanguro», construido en Holanda y se estrenaron los talleres, alojamientos e instalaciones de la Base de Submarinos.

En 1922 entró en servicio el primer submarino construido en España en el siglo XX, el «B-1»; el resto, con intervalos de un año, fueron integrándose en la flotilla hasta la entrega del «B-6» en 1926.

En mayo de 1922 se activaron las estaciones navales de Mahón (Menorca) y la Graña (el Ferrol), para apoyo de submarinos.

Durante la guerra de marruecos, los submarinos intervinieron suministrando provisiones y evacuando el personal civil del Peñón de Vélez de la gomera, bajo fuego enemigo.

El ejemplo de Inglaterra, que en 1927 contaba con la mayor flota submarina del mundo, pareció animar al estado español, que ordeno construir otra nueva serie de unidades, esta vez del tipo «C», basados en la experiencia del tipo «B», con mayor desplazamiento y autonomía.

Entre julio de 1927 y 1929 entraron en servicio los seis «C», contando la flotilla de submarinos en dicho año con dieciséis unidades, cifra nunca alcanzada posteriormente.

Entre 1930 y 1931 se dieron de baja el «Isaac Peral» y los tres del tipo «A», firmándose en 1932 el contrato de construcción de seis submarinos de la clase «D», proyecto del ingeniero español don Áureo Fernandez Ávila.

La guerra civil paralizo su construcción cuando tan solo se había puesto la quilla a los «D-1», «D-2» y «D-3».

Al finalizar la contienda, la flotilla había sufrido un duro revés. en acciones de guerra habían sido hundidos el «C-3», B-6″ y «B-3» (1936); «C-5» (1937) y «C-6» (1937), quedando inutilizados todos los «B» y «C», excepto el «C-2» y «C-4», que fueron reparados y puestos en servicio. También estaban los dos submarinos que el bando nacional compro a Italia durante la guerra, el «Torricelli» y el «Archimede», rebautizados con los nombres de «General Mola» (GM) y «General Sanjurjo» (GS).

Un ambicioso programa Naval de 8 de agosto de 1939 establecía la construcción de cincuenta submarinos, pero el estallido de la segunda guerra mundial y el posterior aislamiento económico hicieron imposible el cumplimiento de dicho programa; tan solo se continuo con la construcción de los tres «D«, finalizándose el «D-1» en 1947, el «D-2» en 1951 y el «D-3» en 1954.

El internamiento en Cartagena de un submarino alemán gravemente averiado, el «U-487», del tipo «VII C» y su posterior cesión a la armada española en 1943 con la denominación de «G-7», hizo concebir la construcción de otros seis submarinos similares («G-1» al «G-6»), abortada también por dificultades en la adquisición de material.

En los años cincuenta se construyeron cuatro submarinos de asalto, dos del tipo «Foca» «SA-41» y «SA-42», basados en diseño alemán con tan solo dos hombres de dotación, y dos «Tiburón» «SA-51» y «SA-52», mayores con siete hombres para manejarlos.

El 24 de octubre de 1959 y en virtud del tratado de defensa mutuo, la armada de los Estados Unidos cedía a España el «USS Kraken», bautizado «Almirante García de los reyes S-31» y que supuso un primer paso para la modernización del arma.

Este submarino, de la clase «Balao», había combatido en la segunda guerra mundial, siendo modernizado antes de su entrega a España. fue el primer submarino español que conto con «Snorchel» (dispositivo para cargar baterías con los diésel, navegando en inmersión).

En 1968 y en virtud del primer programa naval, comienza la construcción del «Delfín S-61», primero de una serie de cuatro modernos submarinos de patente francesa, de la clase «Daphne».

En tanto en cuanto dicha serie se construía y para paliar la escasez de submarinos (tan solo quedaba operativo el «S-31», habiéndose desguazado todos los demás), se adquirieron en estados unidos, entre 1971 y 1974, el «USS Ronquil» bautizado «Isaac Peral S-32», «USS Picuda» «Narciso Monturiol S-33» «USS Bang» «Cosme García S-34» y «USS Jallao» «S-35» y después de la baja del “S-33” «Narciso Monturiol”.

Estos cuatro submarinos eran similares al «S-31» originalmente y por consiguiente construidos durante la segunda guerra mundial, si bien a finales de la década de los cincuenta habían sufrido una extensa modernización bajo el programa Guppy (Greater Underwater Propulsion Plant), dotándoles de nuevos sensores acústicos, electrónicos y armas.

Simultáneamente a la entrega de estos cuatro submarinos entraron en servicio, en 1973, el «Delfín S-61» y el «Tonina S-62» y en 1975 el «Marsopa S-63» y el «Narval s-64«.

Siguiendo con los proyectos franceses, el segundo programa naval contemplaba en 1974 la construcción de dos submarinos de la clase «Agosta», ampliándose este número posteriormente a cuatro. En 1983 entraron en servicio los dos primeros buques de esta serie, el «Galerna S-71» y el «Siroco S-72». en 1985 el «Mistral S-73» y en 1986 el «Tramontana S-74», ultimo de esta clase.

Coincidiendo con la entrega en servicio de los «Agosta» fueron dados de baja todos los submarinos americanos, siendo el último en desaparecer de las listas de la armada el «S-35», en diciembre de 1984.

El 30 de mayo de 1980 se puso la quilla al Submarino Mistral «S-73», botado el 14 de noviembre de 1983, efectuó su primera inmersión el 2 de noviembre de 1984 y fue entregado a la Armada el 5 de junio de 1985. El 22 de marzo de 1986 la cofradía de pescadores de Cartagena efectuó la entrega de la bandera de combate en dicha ciudad, actuando como madrina doña Margarita Esquivias de Morgado, esposa del entonces Capitán General de la Zona Marítima.

El día 23 de abril de 2003 causa baja en la lista oficial de buques de la armada el submarino Narval «S-64».

Por Resolución Número 107/2003 de 28 de julio del jefe de estado mayor de la armada, se declara Himno Oficial del Arma Submarina la Marcha-Himno al Submarinista.

El día 10 de septiembre de 2003 y por resolución 6000/14150/03 de 27 de julio de 2003, causa baja en la lista oficial de buques de la armada el submarino Delfín «S-61».

El día 30 de septiembre de 2005, causa baja en la lista oficial de buques de la armada el submarino Tonina «S-62».

El 29 de junio de 2012 fue dado de baja el Submarino  Siroco «S-72».

El día 22 de abril de 2021 se realiza en las  Instalaciones que Navantia tiene en Cartagena la ceremonia de puesta a flote del submarino Isaac Peral «S-81» siendo la madrina del submarino la Princesa de Asturias. Aproximadamente entrará en servicio activo en 2022.

Narciso Monturiol «S-82» En construcción. Aproximadamente entrará en servicio activo en 2024.

Cosme García «S-83» En construcción. Aproximadamente entrará en servicio activo en 2026.

Mateo García de los Reyes «S-84» En construcción. Aproximadamente entrará en servicio activo en 2027.