En mayo de 2013, se conoció que el proyecto sufriría un nuevo retraso aún por cuantificar, debido al aumento de peso del buque, que haría que tuviese que aumentar su eslora. La Armada confirmó dicho retraso, pero lo enmarcó dentro de la normalidad que implica la complejidad del proyecto.

En las siguientes dos semanas del mismo mes, se confirmaron los problemas de flotabilidad del buque; Defensa aseguró que «se está estudiando el alcance del problema para determinar su impacto en términos de tiempo y dinero», pero no quiso pronunciarse, alegando que «se barajan distintas alternativas», mientras la armadora, Navantia, confirma un retraso de entre 12 a 24 meses. Una de las soluciones barajadas que se dio a conocer fue la necesidad de alargar el buque hasta los 81 metros de eslora del submarino.

Pedro Argüelles, secretario de estado de defensa, indicó el 31 de julio que tras confirmarse por Electric Boat el diagnóstico de la armada con respecto al problema de sobrepeso surgido durante la construcción del S-81, la solución era alargar el casco, y que dado el estado de avance del S-81, al ser el más complicado de arreglar, pasaría a ser el último en solucionarse y entregarse a partir de 2020, mientras que el S-82, que pasaría a ser el primero en entrar en servicio, y se entregaría a la armada partir de 2022.

El 5 de abril de 2016 el ministerio de defensa y Navantia emitieron sendos comunicados anunciando que se había finalizado la ampliación del casco, y de nuevo, volvió a estar previsto que fuera el primero de los buques de la clase en ser terminados.

En octubre de 2016 concluyó el alargamiento de las secciones, y comenzó la fase de armamento y la unificación de los distintos sistemas del submarino. En noviembre de 2019 se realizó el acto de unión de todas las partes y secciones del buque, iniciándose con ello el proceso final de botadura y entrega oficial. Todo un logro y un esperado acontecimiento, después de muchas dificultades y retrasos.

El 1 de marzo de 2021, tomó formalmente posesión del submarino en el astillero de Cartagena la dotación de quilla del submarino, con su primer comandante, el capitán de corbeta Manuel Corral al frente junto a su dotación de quilla. El 22 de abril de 2021 se llevó a cabo la ceremonia de amadrinamiento a flote presidida por el rey Felipe VI y, en el cual, la princesa de Asturias, Leonor de Borbón, amadrinó el barco. El jueves 28 de abril de 2021 comenzó el traslado del submarino al dique flotante en el cual estaba previsto que se realizar la flotadura a lo largo del 29 de abril, aunque debido al mal tiempo y fuerte viento, fue preciso aplazarla al menos una semana, quedando fijada para el viernes 7 de mayo, día en el cual, el submarino fue puesto a flote mediante un dique flotante, y comenzó su fase de pruebas a flote.

En 2022 comenzó las pruebas de puerto y mar y la fase final de pruebas. Tras meses de retraso logró realizar su primera inmersión estática el 30 de marzo de 2023 y se espera su entrada en servicio en noviembre de 2023.